战斗系统
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游戏的战斗系统采取类回合制。式神以及敌方角色按彼此速度的快慢依次行动，式神行动时可以选择普通攻击或消耗“鬼火”进行技能释放。鬼火上限为8个，起始时默认2个，在己方式神的“开始回合阶段”累积6次后恢复，且恢复的鬼火数目依次递增（第一次3，第二次4，然后全部5）。
战斗可选择手动和自动两种模式：手动模式下，玩家需控制阴阳师和式神的行动；自动模式下，阴阳师和式神的行动交由游戏AI进行。
每次战斗时，阴阳师可携带一定数量的式神出战（剧情副本三式神，其他副本五式神）多人组队时一般为五式神队伍，按以下方式出战：
＃两人组队时，队长携带一阴阳师两式神出阵，另一队员携带三式神出阵;
＃三人组队时，队长携带一阴阳师一式神出阵，另外两队员各携带两式神出阵。
进行剧情副本时可携带两式神观战。战斗一般以己方或敌方全灭为终结，胜利之后可获得相应经验和奖励，观战式神也可获得比出战式神较少的经验。
成就系统
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《阴阳师》中任务分为每日任务和剧情任务，每日任务是玩家角色每天都可以完成的任务，完成后系统会自动赠送与任务相对应的奖励，剧情任务是游戏中的主线任务，其剧情是做成一幕幕舞台剧的形式来展示，让玩家获得类主机单机游戏的专注剧情体验，而剧情任务有角色等级限制，玩家角色需要达到剧情任务限制等级条件时才可以解锁进入对应的剧情任务，完成剧情任务可以解锁“探索”中的章节地图关卡。后推出成就点数和平安百物语系统，成就点数根据游戏内人物角色式神的升级，皮肤数量，联动游戏决战！平安京的任务，而提高，提高到一定程度后会得到奖励，平安百物语是根据式神获得而开放给玩家，以故事的形式更加完善游戏的世界观。
非酋成就
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＃非酋初级
达成条件：连抽100张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：1000勾玉+1个奉为达摩
＃非酋中级
达成条件：连抽200张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：2000勾玉+1御行达摩
＃非酋高级
达成条件：连抽300张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：3000勾玉+3个御行达摩
＃非洲阴阳师（月见黑）
达成条件：连抽400张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：4000勾玉+5个御行达摩+月见黑头像框
＃非洲大阴阳师
达成条件：连抽500张符咒（不包括破碎的符咒）不出SSR
奖励内容：5000勾玉+8个御行达摩
注：当玩家抽出SSR则视为中断，重新计数。
欧皇成就
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＃达成条件：集齐全部式神。
奖励内容：欧皇头像框。
“日月同辉”头像框
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当玩家同时拥有非洲大阴阳师和欧皇成就时，系统会奖励玩家“日月同辉”头像框，并给予玩家5个御行达摩。
式神召唤
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游戏中的式神可以通过以下几种方式获得：
＃“勾玉”和“神秘的符咒”召唤，可以召唤R/SR/SSR/SP的式神。
＃“现世符咒”召唤，可以召唤R/SR/SSR/SP的式神。
＃“破碎的符咒”召唤，可以召唤N/R的式神。
＃ “式神碎片”合成。
“勾玉”和“神秘的符咒”均可在游戏内的商城购买，或完成任务的奖励获得；“现世符咒”可以通过游戏活动奖励获得；“破碎的符咒”可通过完成日常任务的奖励获得；“式神碎片”可以通过“百鬼夜行”、悬赏封印及“阴阳寮”祈愿获得。
另外，每周分享召唤成果或图鉴绘卷可获得一张“神秘的符咒”；每月于“神秘的符咒”或“勾玉”召唤上画出“神秘的符咒图案”，可获一张“神秘的符咒”。
召唤概率如下：
＃“勾玉”、“神秘的符咒”和“现世符咒”召唤 概率分别为 R 78.75%，SR 20%，SSR 1％，SP 0.25%。
＃ “破碎的符咒”召唤概率分别为 N87%，R13%。
觉醒
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游戏中的式神大部分 (稀有度除N，以及SP) 可进行一次觉醒。式神觉醒的必要素材可在通关“觉醒副本”后获得。收集一定数量的指定素材后式神便可觉醒。
式神觉醒后基本能力数值会增强，部分技能升级，或达成传记开启的条件。同时觉醒后的式神会开启外观功能（造型变更），可以选择保留觉醒形态的外观、恢复未觉醒前的外观、或去商城购买外观穿着。
目前新出的sp系列式神，不需觉醒，且具备与其他式神觉醒后相等的面板属性
训练
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训练分为升级、升星和转换三种。
＃升级需使用其他式神作素材，并花费金币。
＃升星需使用2-5个同星式神作素材（例如要升1位三星式神到四星，需使用3个三星式神作素材），同样需花费金币。升星可令该式神的等级上限提升5级，最高40级。
＃使用与被育成式神相同的式神（或御行达摩）作素材时，被育成式神的技能等级会提升。
＃转换能把两位式神的等级和星级对调，但技能等级不变。需使用转换符。
御魂
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游戏中的御魂能够强化式神的各项能力值，所有式神皆可以装备至多6个御魂，御魂随著种类的不同会有著不同的加成；御魂能够透过“御魂副本”、“神秘商店”、“探索副本”和“阴界之门”等地方取得。
御魂系统分为6个方位(分别为壹、贰、叁、肆、伍及陆)。每一个方位只能装备1个同位置的御魂，不同方位的御魂有著不同的主属性；第壹方位的御魂主属性只能为攻击，第叁方位的御魂主属性只能为防御，第伍方位的御魂主属性只能为生命，而第贰方位的御魂主属性为攻击加成，防御加成，生命加成，速度四种属性的其中一个，第肆方位的御魂主属性为攻击加成，防御加成，生命加成，效果命中，效果抵抗五种属性的其中一个，第陆方位的御魂主属性为攻击加成，防御加成，生命加成，暴击，暴击伤害五种属性的其中一个。每一个御魂和式神的星等相同，亦分为一到六星，星等越高，提供的属性加成越多也越稀有；御魂可进一步强化来让能力值提升，每一方位和每一星等的御魂最多只能强化至+15。每强化3的倍数，就有机率除了强化主属性外，还随机开启第二排后的“副属性”，副属性不论方位皆为随机出现，至多出现5排能力，同一种的能力有可能重复出现，而越高等的御魂需要消耗更多其他的御魂及金币来强化
每一种的御魂皆有所谓的“套装效果”，每装备两个相同种类的御魂(方位不限)即可获得指定属性的加成或能力；而装备四个相同种类的御魂(方位不限)，除了能获得指定的属性，还能开启专属的御魂套装效果，每个装备中的御魂星等高低及强化不影响其套装能力。